Neo, Morpheus, Trinity và các đồng sự còn lại của mình tiếp tục cuộc chiến với những người nổi dậy của đế chế máy móc. Giờ đây ngày càng nhiều có nhiều con người được đánh thức khỏi ma trận và họ cố gắng để trở về với cuộc sống thực của mình. Và mặc dù ngày càng nhiều người được trở về với thực tại bọn người máy vẫn nổi dậy và cuộc chiến đã diễn ra tại thành phố Zion, thành phố duy nhất mà sự sống của loài người còn tồn tại...
